小麦良种收获时要单收、单打、单晒、单独贮存，防治混杂。贮存时应标上品种名称、批次等信息；要一个容器盛放一个品种，不能一个容器盛几个品种，更不能与普通麦子同存一处；晾晒时要单场单晒，不要与其他品种和普通麦子同晒一场，以防混杂。
麦种水分含量过大，易发热，会导致捂种、霉变，直接影响种子的发芽率和活力。贮藏前要反复晾晒，使麦种含水量抵达安全贮藏水分，小麦安全贮藏水分为13%以下。
温度是影响种子新陈代谢的重要的因素，贮存的麦种不宜曝晒过度。切忌在水泥地面上晒种，因水泥地面温度太高，易将种子烧坏；贮存麦种的仓库温度最好保持在20℃以下。
麦种贮藏期间，正值多雨、高温、高湿季节。高温高湿能增强种子的呼吸作用，微生物极易在粮堆内繁殖，引起麦种发热霉变，以致丧失种用能力。因此，麦种应存放在干燥通风处，盛麦种的容器底部要用木板、石块等防潮物铺垫。在贮存过程中应经常晾晒，适时通风换气。
麦种不能存放在厨房里，以免烟火熏烤后，导致种子泛色，水分减少，甚至发热，影响种子发芽率；不能用塑料袋子贮藏，塑料袋子不透气，妨碍种子呼吸，会降低发芽率，同时多余的水分散发不出去，会造成种子霉变；不要与碳铵、尿素等氨态氮肥混存在一室，由于这期间温度高，湿度大，这些氨态氮肥挥发性极强，挥发的氨气会腐蚀种子细胞和种胚，严重影响发芽率和种子活力。
农户贮存麦种数量不大，选用水泥缸，瓷缸贮藏，可起到防鼠防虫的作用。麦种晾晒后趁热贮藏，可减少虫害。防治老鼠、害虫，惟一的方法是采用药剂防治，其特效药是民用磷化铝，可防治玉米象（油子）、锯谷盗等粮食害虫，每200公斤麦种用药一片，用布包好放入种子内33厘米左右，密封7天即可杀死害虫。
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